L’Armentera és un municipi de l’Alt Empordà, a les comarques gironines. El terme municipal té una extensió de 5,6 km 2 i se situa a la plana al·luvial empordanesa, a 2 km del mar i a la dreta del Fluvià, fins a tocar la riba esquerra del Fluvià Vell, antic curs d’aquest riu que abans desembocava prop de Sant Martí d’Empúries, amb el qual enllaça el rec del Molí de l’Armentera i el rec del Molí de l’Arbre Sec. El terme no arriba a tenir sortida a la mar malgrat la proximitat a l’extensa platja del golf de Roses. Limita al nord i est amb el terme de Sant Pere Pescador, del qual el separen el Fluvià, el rec del Molí i el Fluvià Vell, a l’oest amb Ventalló i al sud amb l’Escala.