Etimològicament l’Armentera vol dir terra de ramats grans.
El primer document que es refereix a l’Armentera és un precepte de Carles el Simple, del 922, on són confirmades, entre d’altres, les propietats que la seu de Girona tenia al “loco quod dicitur Armentaria”, però des del mateix segle X fou un domini dels monjos de Sant Pere de Rodes: en una butlla de Benet VI, del 974, on es confirmen els béns del cenobi, és esmentada la “villa Armentaria cum ipsa eclesia Sancti Martini”. En el document fundacional de la canònica de Girona (1019) es fa referència a un alou que la seu posseïa a l’Armentera, el qual passà a dependre dels canonges. A la fi del segle XVII figura com a lloc del comtat d’Empúries i, més tard, esdevingué lloc reial.
L’any 1641 patí l’atac de les tropes franceses del duc de Noailles, i l’any 1713, el de les forces de Felip V. Al segle XVIII el poble accedí als drets del llit del riu i a les motes del comú.
Una riuada del segle XVIII, del riu Fluvià, se n’endugué la Capella de Santa Cristina.
L’any 1839 s’hi desenvolupà la guerra carlina.
L’any 1855 afectà els habitants del municipi una epidèmia de còlera.